In 2008 maakt Silberbauer voor het eerst zijn opwachting in de Domstad. Als middenvelder komt hij 113 keer in actie voor FC Utrecht. Hij is captain tijdens onder meer de succesvolle Europese campagne van de jaargang 2010/2011.
Nadat hij zijn kicksen aan de wilgen heeft gehangen, wordt Silberbauer assistent-trainer bij FC Luzern, FC Basel, FC Utrecht en FC Midtjylland. Ook doet hij als hoofdtrainer ervaring op bij het Canadese Pacific FC. Eind 2022 begint Silberbauer aan zijn nieuwe klus als Hoofdtrainer van FC Utrecht, waar hij 26 wedstrijden als eindverantwoordelijke op de bank zit.
“Eind vorig seizoen en de seizoenstart waren niet zoals we hadden gehoopt. Gedurende het seizoen evalueren we regelmatig met de Hoofdtrainer, zoals we dat nu ook gedaan hebben”, legt Technisch Directeur Jordy Zuidam uit. “We hebben samen de conclusie getrokken dat er geen stijgende lijn zat in de ontwikkeling en groei van het elftal en daaraan gekoppeld bleven de resultaten achter. Het doel om met meer energie en aanvallende intenties te spelen, is te weinig behaald. Dat zijn lastige gesprekken, waarin we open en eerlijk naar elkaar zijn geweest. Natuurlijk is het moeilijk dat dit de conclusie is van de gesprekken die we hebben gevoerd, zeker als je ziet dat Michael alles heeft gegeven om de groei en ontwikkeling te bewerkstelligen. Het is een moeilijk besluit en een teleurstellende dag, ook omdat Michael echt een clubman is.”
“Het is niet gelukt is om stabiliteit in de ploeg te brengen", aldus Michael Silberbauer. "Het was onze ambitie om aanvallend voetbal met energie te spelen, dat is met pieken en dalen gegaan. Opgeteld bij de start van het seizoen, is nu besloten dat onze wegen scheiden. Deze club gaat me nauw aan het hart, ook gezien mijn eerdere periode als aanvoerder. Ik gun FC Utrecht het beste, deze club blijft voor altijd aan mij verbonden.”
Assistent-trainer Rob Penders neemt voorlopig de honneurs waar. FC Utrecht hoopt op korte termijn een nieuwe Hoofdtrainer aan te stellen.