De Jong is geboren in Utrecht, enkele maanden nadat in de Domstad FC Utrecht werd opgericht. Van 1993 tot en met 2007 speelde de Utrechter in het eerste elftal van de FC uit zijn geboortestad, waarvoor hij in totaal 370 competitieduels speelde. Alleen Jan-Willem van Ede (409 partijen) en Leo van Veen (391 matchen) speelden meer Eredivisiewedstrijden namens FC Utrecht.
Als aanvoerder van FC Utrecht won De Jong twee keer de KNVB Beker en sleepte hij de Johan Cruijff Schaal in de wacht. Zijn lange staat van dienst en het feit dat hij altijd voorop in de strijd ging, leverden hem de bijnaam ‘Mister FC Utrecht’ op. Ook als oefenmeester lanceerde De Jong zijn carrière bij FC Utrecht, waar hij bij de jeugdploegen van de FC zijn eerste ervaringen in dat werkveld opdeed. De Jong was onder meer Hoofdtrainer en assistent-trainer van het eerste elftal van FC Utrecht.
“Jean-Paul heeft als speler, jeugdtrainer en oefenmeester bij de A-selectie veel betekend voor onze club”, zegt Algemeen Directeur Thijs van Es van FC Utrecht. “Wie Jean-Paul de Jong zegt, zegt FC Utrecht. Wij willen Jean-Paul bedanken voor alles wat hij voor FC Utrecht heeft gedaan door middel van dit fysieke en blijvende eerbetoon. We hopen dat we hem regelmatig zelf mogen begroeten in deze prachtige ruimte op de derde etage van Stadion Galgenwaard.”